Teenage Mutant Ninja Turtles: Danger of the Ooze является 2D платформером с 3D графикой и открытым миром, доступ к частям которого постепенно открывается по мере получения Черепашками новой экипировки. В любой момент игрок может переключаться между главными героями, у каждого из которых есть особые умения и способности. Игровой процесс предлагает возможность не только уничтожать неприятелей в динамичных боях, но и избегать стычек в скрытном режиме.