Зловещая сила зажгла войну между двумя фракциями Yo-kai, Bony Spirits и Fleshy Souls, вызвав хаос по всему миру. Теперь Nate и его друзья должны отправиться назад во времени, чтобы выяснить кто стоит за этими злыми деяниями. 

Найди, подружись и сражайся с более чем 350 новыми и старыми Yo-kai. Сядьте на поезд и отправляйте в другие города, чтобы встретить новых Yo-kai. Вместе с героическим котом Hovernyan отправляйте назад во времен, спасите Springdale и узнайте тайну происхождения часов Yo-kai!